Menko Polhukam Mahfud MD menyebut Panji Gumilang dan Ponpes Al Zaytun merupakan rentetan dari gerakan Darul Islam dan NII yang dicetuskan oleh Kartosoewirjo. Dengan kata lain, Panji Gumilang dapat dikatakan sebagai ekor dari gerakan NII Kartosoewirjo.