Selama kunjungannya, Paus Fransiskus tidak akan menginap di hotel. Ketua Panitia Kunjungan Paus Fransiskus ke Indonesia, Ignasius Jonan, menyampaikan bahwa Paus akan menggunakan kendaraan sipil berupa Toyota Kijang Innova Zenix selama berada di Jakarta. Meski demikian, Jonan menekankan bahwa keamanan Paus tetap menjadi prioritas utama, dengan pengamanan yang diatur oleh Paspampres, meskipun detailnya tidak dapat diungkapkan.