Dugaan ajaran menyimpang di Ponpes Al-Zaytun, menurut Menteri Koordinator Bidang Pembangunan Manusia dan Kebudayaan (Menko PMK) Muhadjir Effendy, harus diselesaikan dengan hati-hati karena sangat senitif hingga Pimpinan Ponpes Al-Zaytun Panji Gumilang, rupanya tengah bangun Bahtera Nabi Nuh dan memiliki dermaga khusus.