3. Tabrakan Kereta Api Empu Jaya (2001)
Pada 25 Desember 2001, kecelakaan parah kembali terjadi. Kali ini, KA 146 Empu Jaya menabrak KA 153 Gaya Baru Malam Selatan yang sedang menunggu bersilangan di stasiun Ketanggungan Barat, Brebes, Jawa Tengah.
Kecelakaan yang menewaskan 45 orang itu murni kesalahan masinis KA Empu Jaya, yang tak mengurangi kecepatan saat melewati sinyal aspek kuning dan tak berhenti saat lampu merah.
5. Tabrakan Kereta Api Kertajaya (2006)
Pada 15 April 2006, KA Sembrani dan KA Kertajaya bertabrakan di Stasiun Gubug, Grobogan, Jawa Tengah.
Saat itu, KA Sembrani melayani rute Jakarta Gambir-Surabaya Pasar Turi, sedangkan KA Kertajaya relasi Jakarta Pasar Senen-Surabaya Pasar Turi.
Dilansir dari laporan yang diterbitkan Komite Nasional Keselamatan Transportasi (KNKT), kecelakaan kereta api tersebut mengakibatkan 14 orang meninggal dan 26 lainnya mengalami luka-luka.
Selain menimbulkan korban jiwa, kecelakaan juga berakibat pada kerusakan dua rangkaian kereta api, baik Sembrani dan Kertajaya.
